肝内胆管结石是胆管结石的一种类型，是指左右肝管汇合部以上各分枝胆管内的结石。它可以单独存在，也可以与肝外胆管结石并存。一般为胆红素结石。肝内胆管结石常合并肝外胆管结石。肝内胆管结石不仅是常见病，更重要的是由此引起的严重并发症，是良性胆道疾病死亡的重要原因。
感染是导致结石形成的首要因素，感染的原因常见的是胆道寄生虫感染和复发性胆管炎，差不多所有的肝内胆管结石病病人的胆汁培养均可检出细菌;感染细菌主要是来源于肠道，常见的细菌是大肠杆菌及厌氧菌。大肠菌属和一些厌氧菌感染时产生的B-葡萄糖醛酸苷酶和在胆道感染时产生内生性葡萄糖醛酸苷酶，能使结合型胆红素水解生成游离胆红素而沉着。
肝内胆管结石的发病原因与胆道的细菌感染、寄生虫感染及胆汁滞留有关。此外，胆汁中的粘蛋白、酸性粘多糖、免疫球蛋白等大分子物质，炎性渗出物，脱落的上皮细胞、细菌、寄生虫、胆汁中的金属离子等，均参与结石的形成。肝脓肿及支气管胆瘘在反复发作的急性梗阻性化脓性胆管炎的基础上可形成肝脓肿，其临床症状与急性化脓性胆管炎相似。
当脓肿穿破至肺，则形成支气管胆瘘，临床表现为咳嗽咯脓，此时重症感染症状会很快减轻。急性化脓性胆管炎肝胆管结石并发急性梗阻性化脓性胆管炎时，不论结石梗阻在何部位，皆可出现毒血症和感染性休克，并导致肝、肾、肺、心、脑等多脏器功能衰竭。
胆汁性肝硬变与门脉高压症弥漫性肝内胆管结石可逐步导致胆汁性肝硬变，并进一步引起门脉高压症。胆道出血当反复的炎症侵蚀导致胆管与相邻血管相通时可发生胆道出血。临床表现为周期性消化道出血、腹痛、发热等。肝胆管狭窄肝胆管结石常导致胆管壁反复的炎症损伤及修复，最终使胆管纤维化性狭窄。
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